AK Parti iktidarının 3. yılında (2005’in Kasım’ında) vuku bulan Şemdinli olayları ve sonrasıyla ilgili olarak, 8 Mart 2006’da “Krizin diğer yüzü” başlıklı yazısında Ali Bayramoğlu şunları demiş olduğunu belirtiyor bugünkü “Şemdinli’den bugüne: Sarıkaya’nın itirafları…” başlıklı yazısında.

“İddianamenin Org. Büyükanıt’a ilişkin bölümünün bir kısmı kanaatlerden, şahit bile olmayan üçüncü şahıs ifadelerinden oluşuyor. Diğer kısmı ise adeta bir siyasi analiz makalesi ya da köşe yazısı gibi. (…) İnsan anlamakta zorlanıyor, hukuk her şeyden önce usule ve kanıta dayanır, yorum, siyasi tahlil ve duyum üzerine oturmaz. Bu ülke bu tür çok iddianameye tanık oldu. (…) Bu iddianameler, Türk hukuk tarihine yüz kızartıcı siyasi vesikalar olarak geçecektir.”

Bugün kaleme almış olduğu yazıda, yaklaşık on yıl önce dedikleri ile ve karanlık gözüken olayla ilgili olarak şunları ifade ediyor:

“(…) Bugün Sarıkaya’nın itiraflarından, bu skandalın arkasında da Gülencilerin olduğu anlaşılıyor.
Bu itiraflar Gülen cemaatinin devlet içinde varlık ve eylemlerinin, gerek zamana yayılma gerek niyet açısından AK Parti’yle mücadele ve siyasi iktidarı devirme hedefinin ötesinde, ne denli derin bir niyet ve organizasyona sahip olduğunu ortaya koyuyor.
Ayrıca, Gülen cemaatinin tasfiye, yıkma, bozma hedefli yargı hamlelerinde nasıl hareket ettiğini gösteriyor: Açık suç dosyalarına unsurlar eklemek, onları kullanarak, arkasına saklanarak hedef şaşırmak ve yok etmek…
Şemdinli hadisesinden açık örnek var mı?”

Ancak şu hususta da önemli bir vurgu yapıyor: söz konusu o iddianamenin “Şemdinli olaylarıyla ilgili bulgular kısmının Büyükanıt bölümünün baskısı ve gölgesi altında kalmış olduğu.”
Yani demek istiyor ki, söz konusu iddianame çıplak bir “Gülen gerçeği”ni yansıttığı kadar Şemdinli olaylarının da bir “resmî eylem gerçeği” olduğunu yansıtır; bu gözden uzak tutulmamalı. Kendisi bunu 2006 Mart’ında çıkmış söz konusu yazısında şöyle ifade etmiş:

“(…) Başka bir ifadeyle Büyükanıt’la ilgili iddiaların içerik açısından hafifliği ve biçim açısından keyfiliği diğer iddia ve bulguları da öyleymiş gibi bir görüntüye kavuşturmuştur. JİTEM, Cem Ersever, Ali Kaya ve arkadaşlarının faaliyetleri, bunların askeri birimlerle organik ilişkisi (…) bir siyasi kurgu araçları görüntüsü kazanmıştır… İki yön birbirine karışmıştır… Büyükanıt’la ilgili suçlamalar ile Şemdinli meselesini birbirinden ayrı değerlendirmeyi bilmek gerekir…”

Ve buradan günümüz için de benzer bir ders çıkarılması gerektiğini düşünüyor yazar; şöyle diyor:

“(…) Doğruları arar, siyasi tavır alır ve analiz yaparken toptancı davranmaya devam ediyoruz. “Tek doğru” ya da “tek yanlış” mantığını sürdürüyoruz. Cemaatin el attığı her dosyayı ak görüyoruz. Ergenekon, Balyoz gibi dosyaların suç oluşturan yönleri ile bu davaların cemaat tarafından kirletilmesi ve kullanılması halini, darbeye soyunan kimi askerler ile cemaatin hedefi olan mağdur sanıklarını birbirine karıştırıyoruz.

Ne var ki, hiçbir şey sadece aklar ve karalardan oluşmuyor.

Bugün başta ulusalcı kesim olmak üzere mutlak aklama ve karalama çabalarının, küçük hesaplaşma arayışlarının karşılığı yok.
Tarih böyle yazılmıyor.”